醋泡洋葱很容易损害牙齿，长期吃醋泡洋葱，醋酸会刺激腐蚀牙齿，使得牙齿变得敏感。一般我们建议吃完醋泡洋葱之后漱口以减少这种刺激伤害。
刺激胃部醋泡洋葱容易刺激胃部。特别是空腹吃醋泡洋葱的时候，会使胃部在排空的状态下进行消化工作，损害胃粘膜。本身患有胃肠道疾病的人更是不能吃醋泡洋葱。
引起过敏醋泡洋葱可能会引起过敏。特别是本身体质敏感，对醋或者是对洋葱敏感的人，吃醋泡洋葱可能会出现皮疹、瘙痒、红肿、哮喘等不适症状。
影响病情恢复醋泡洋葱可能会影响病情的恢复。本身有低血压或者是在服用某些西药或中药的话，吃醋泡洋葱可能会影响到药效，不利于病情的恢复。
促发骨质疏松醋泡洋葱可能会促发骨质疏松。醋能软化骨骼和脱钙，破坏钙元素在人体内的动态平衡，老年人应该少吃醋泡洋葱，特别是本身有骨质疏松的人，更要注意。